Debian.
Если запускаю motion через стартовый скрипт /etc/init.d/motion start, то он в логах говорит:
motion: [0] Not config file to process using default values
Если запускаю просто командой motion, то конфиг успешно подхватывается.
Можно ли аргументами или в самом скрипте указать ему конфиг?
Заглядываем в /etc/init.d/motion и смотрим что там делается.